پژوهشکده ی لیزر در سال 1372 در دانشکده علوم فعالیت خود را آغاز نمود. در سال 1374 این پژوهشکده مجوز اصولی و در سال 1377 مجوز قطعی تأسیس خود را از شورای گسترش وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دریافت نمود و در سال 1383 به دنبال گسترش فعالیتها، به پژوهشکده لیزر و پلاسما تغییر نام یافت.
اولین دوره کارشناسی ارشد رشته فوتونیک در سال 1381 در پژوهشکده راه اندازی شد. دوره دکتری رشته فوتونیک در سال 1383 و کارشناسی ارشد رشته مهندسی پلاسما نیز در سال 1384 شروع به فعالیت و جذب دانشجو نمودند. همچنین از سال 1393 این پژوهشکده اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع دکتری رشته مهندسی پلاسما نموده است. این دوره ها به منظور فعالیت حرفه ای و دقیق علمی در موضوعات مرتبط ایجاد شده اند و فارغ التحصیلان غالبا به ادامه تحصیل پرداخته و یا در مجموعه های مختلف تخصصی مرتبط مشغول به کار شده اند. هدف اصلی این پژوهشکده گسترش علم لیزر، اپتیک، فوتونیک و پلاسما با تربیت نیروی متخصص، انجام تحقیقات پایه ای جهت گسترش مرزهای علم و تحقیقات کاربردی در صنعت و علوم، می باشد.
در حال حاضر این پژوهشکده شامل 22 آزمایشگاه فعال می باشد. هم اکنون تعداد ۱۶ عضو هیأت علمی در پژوهشکده فعالیت دارند.