بخش مرجع کتابخانه مرکزی از دو سالن کتب فارسی و انگلیسی تشکیل شده است. دستیابی به منابع , پس از جستجو در سیستم نرم افزاری کتابخانه ( کامپیوتری جهت جستجو منابع در بخش مرجع قرار دارد ) و یادداشت شماره بازیابی منبع مورد نظر امکان پذیر است.کاربران می‌توانند با دردست داشتن شماره بازیابی به بخش مرجع مراجعه کرده و سیستم بصورت مخزن باز در اختیار کاربران قرار دارد، آنها می‌توانند به کتب مورد نیاز دسترسی یابند. همچنین می‌توانند از راهنمایی کتابداران بخش مرجع برخوردار شوند.
فرهنگ‌ها، دایره المعارف‌ها، نقشه‌های جغرافیایی، آمارنامه‌ها و کتابهای نفیس از جمله منابع بخش مرجع است.منابع این بخش غیر قابل امانت است و استفاده تنها در محل امکان پذیر خواهد بود. کپی و عکسبرداری از منابع امکانپذیر است.
ساعت کار بخش مرجع همه روزه از شنبه تا چهارشنبه از ساعت 8 الی 15 است و کتابداران این بخش آماده پاسخگویی به کاربران هستند. تمام امور مربوط به طرح غدیر در بخش مرجع انجام می‌شود و از دیگر وظایف این بخش، تهیه فایلهای آموزشی مورد نیاز کاربران کتابخانه است.