از سال 1364 معاونت‌های جنگ و پشتيبانی كه بعدها به نام معاونت دفاعی در دانشگاه‌ها تغيير نام پيدا كرد زير نظر رئيس دانشگاه تشكيل شد. عمده فعاليت اين معاونت، سازمان‌دهی و اعزام دانشجويان داوطلب به جبهه و همچنين رسيدگی به مسائل آموزشی و غير‌ آموزشی دانشجويان تحت پوشش بود. در سال 1370 در شورای عالی انقلاب فرهنگی بحث جايگزينی ادارات كل امور دانشجويان شاهد و ايثارگر به جای پست معاونت دفاعی مطرح شد كه بر اساس مصوبه 274 مورخ 1370/12/20 در شورای عالی انقلاب فرهنگی ايجاد اداره كل دانشجویان شاهد و ایثارگر در دانشگاه‌ها زير نظر رئيس دانشگاه تصويب شد. لازم به توضيح است كه قبلا در كنار اداره معاونت دفاعی، ستادی به نام ستاد شاهد وجود داشت كه مسئولیت رسیدگی به امور فرزندان شاهد را بر عهده داشت كه بر اساس مصوبه مذكور با معاونت دفاعی ادغام شد و اداره كل امور دانشجويان شاهد و ايثارگر جایگزین گردید.

در اجرای بند «هـ» ماده 5 آئین‌نامه جامع مدیریت دانشگاه‌ها مصوب 1389/12/10 شورای عالی انقلاب فرهنگی در خصوص وظایف معاونت فرهنگی و اجتماعی و با عنایت به مذاکرات هیات‌رئیسه دانشگاه مورخ 1392/12/25 در خصوص سیاست تحول ساختاری در دانشگاه، مدیریت امور شاهد و ایثارگر به‌عنوان یکی از مدیریت‌های تابعه معاونت فرهنگی و اجتماعی تعیین شد.