پیرو 15 سال فعالیت پژوهشی در حوزه اختلال‌های عصب - تحولی و توان‌بخشی شناختی در دانشکده روان‌شناسی و علوم تربیتی دانشگاه شهیدبهشتی و هم‌چنین با گسترش علوم‌شناختی و برجسته شدن نقش آن در جامعه علمی، ضرورت ایجاد پژوهشکده‌ای مستقل به‌شدت احساس گردید. در سال 1386 گروه علوم‌شناختی در دانشکده روان‌شناسی و علوم تربیتی تشکیل شد و فعالیت پژوهشی خود را به‌صورت رسمی در سال 1391 آغاز نمود و شکل مستقلی به‌خود گرفت.

پژوهشکده علوم‌شناختی و مغز دانشگاه شهیدبهشتی با تاسیس و تجهیز آزمایشگاه‌های متعدد توانسته است به سایر دانشکده‌ها و پژوهشکده‌ها از جمله دانشکده‌های علوم و فناوری زیستی، روان‌شناسی، علوم تربیتی، لیزر و پلاسما و غیره خدمات گوناگونی ارائه دهد.

پژوهشکده علوم‌شناختی و مغز دانشگاه شهیدبهشتی در حال حاضر با داشتن اعضای هیات‌علمی مجرب در حوزه‌های تخصصی علوم‌شناختی مشغول به فعالیت است.