پژوهشکده‌های علوم کاربردی

• پژوهشکده لیزرو پلاسما
• پژوهشکده علوم محیطی
• پژوهشکده علوم شناختی و مغز
• پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی

پژوهشکده‌های علوم انسانی و رفتاری

• پژوهشکده خانواده
• پژوهشکده مطالعات میان رشته‌ای قرآن
• پژوهشکده مطالعات بنیادین علم و فناوری

پژوهشکده‌های علوم و فناوری

• پژوهشکده شبکه برق
• پژوهشکده فضای مجازی
• پژوهشکده علوم و فناوری‌های پزشکی
• پژوهشکده انرژی و هیدروژن

• مرکز تحقیقات پروتئین
• مرکز پژوهشی انرژی
• مرکز پژوهشی فرآورده‌های زنبور عسل

• مرکز مطالعات اقتصادی و سیاسی
• مرکز مطالعات سنجش از دور و GIS

• مرکز مطالعات ناحیه‌ای و آمایش
• مرکز گوهرشناسی
• مرکز پژوهشی اکتشاف نفت و گاز

• مرکز تحقیقات و کرسی حقوق بشر، صلح و دموکراسی
• مرکز استحصال آب از منابع غیرمتعارف

• معاونت آموزشی
• معاونت پژوهشی و فناوری

• معاونت دانشجویی
• معاونت فرهنگی و اجتماعی

• معاونت پشتیبانی، مالی و مدیریت منابع

• پردیس فنی و مهندسی شهید عباسپور

• پردیس زیرآب دانشگاه شهید بهشتی

مراکز علمی و فرهنگی

• مرکز نشر آثار علمی
• مرکز تربیت بدنی
• مرکز مشاوره و سبک زندگی
• کلینیک خدمات تخصصی مدیریت
• پارک علم و فناوری دانشگاه شهید بهشتی
• مرکز رشد واحدهای فناوری
• مرکز همایش‌های بین‌المللی
• نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری

مراکز آموزشی

• مرکز آموزش‌های الکترونیکی
• مرکز آموزش‌های تخصصی

مراکز آموزش زبان

• مرکز آموزش‌های زبان‌های خارجی
• دپارتمان ترجمه و ویرایش
• مرکز آموزش زبان فارسی به غیر فارسی‌زبانان (آزفا)

مدیریت‌های زیرمجموعه ریاست

• مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات
• مدیریت نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت (ناتک)
• مدیریت امور حقوقی
• مدیریت امور هیات‌علمی
• مدیریت همکاری‌های علمی بین‌المللی
• اداره کل حراست
• اداره روابط عمومی و اطلاع‌رسانی
• مدیریت هسته گزینش کارکنان